For hvert fagområde i NLK, er det opprettet en faglig referansegruppe som skal være rådgivende i arbeidet med revisjoner av kodeverket, og bistå med anbefalinger i faglige spørsmål.
For å ivareta tverrfaglighet, økt kvalitetssikring og transparens, innførte Helsedirektoratet ny form for samhandling fra mai 2019, der nye og endrede koder formidles til representantene av de faglige referansegruppene for gjennomsyn og tilbakemelding før publisering av ny versjon.