Medisinsk koding av aktivitet som inngår i grunnlaget for ISF-beregning skal finne sted i tråd med "Regler og veiledning for koding" fra Helsedirektoratet, jf. Norsk klinisk prosedyrekodeverk (NKPK) Dette regelverket oppdateres årlig.
På enkelte områder gjelder særskilte kodingsregler der dette er nødvendig for å identifisere spesifikt tjenesteinnhold og beregning av ISF. Slike regler fremgår både av ISF-regelverket og av den nasjonale kodeveiledningen, men slik at bestemmelsene i ISF-regelverket har forrang i tilfelle av motstrid.