Histologisk deles analkanalen inn i tre områder. Helt proksimalt finner man sylinderepitel som histologisk ikke kan skilles fra rectumslimhinnen. Deretter følger transformasjonssonen, Anal Transitional Zone (ATZ), som karakteriseres av et flerlaget overgangsepitel som kan se ut som plateepitelmetaplasi eller urotel. Den mest distale delen av analkanalen består av plateepitelkledt slimhinne uten keratinisering eller adneksale stukturer (WHO Classification of Tumours of the Digestive System, 2010).
Utenfor analkanalen er det fortsatt plateepitel, men med hårfollikler og svettekjertler i det underliggende vev. Patologi i dette området klassifiseres under hud og ikke som en del av analkanalen.