Hovedandelen av finansieringen ved fosterdiagnostikk og PGD faller utenfor ISF finansieringen, da de største kostnadene her er knyttet til laboratoriearbeid. Laboratorieanalyser finansieres i dag i hovedsak via refusjon jf. poliklinikkforskriften. Dersom PGD skal finansieres gjennom denne ordningen, vil det kreve nye koder i Norsk laboratoriekodeverk (NLK) samt endringer i poliklinikkforskriften, se nedenfor.
Hvis en sammenligner med IVF-behandling der en ikke gjør en PGD, vil det som faller inn under ISF-ordningen og som her kommer som et tillegg, kun representere en mindre del av den totale finansieringen.
Fagmiljøene oppgir at ved PGD vil det tilkomme konsultasjoner i forbindelse med genetisk veidlening som utgjør ca. 2 konsultasjoner pr. par. For enkelte kan det i tillegg være ekstra uthenting av egg sammenlignet med IVF uten PGD. Volumet er foreløpig estimert til 100 pr. år, og for ISF-ordningen vil dette utgjøre anslagsvis 250 000 kr.