Testpositivt NIPT-svar bekreftes med invasiv prøve. Dette kan være enten fostervannsprøve eller morkakeprøve. Dersom en ny ultralydundersøkelse viser normale funn tas fostervannsprøve. Ved fostervannsprøve undersøkes arvemateriale i celler som stammer direkte fra fosteret og ikke fra morkaken. Dette gir større sikkerhet enn undersøkelse av morkakeceller. Fostervannsprøve tas som regel fra uke 15+0. Dersom ultralydundersøkelsen gir mistanke om trisomi, kan positivt NIPT-resultat bekreftes ved morkakeprøve. Morkakeprøven kan tas tidligere enn fostervannsprøven, vanligvis i uke 11-12, og den gravide får derfor et sikkert svar litt tidligere i svangerskapet.
Et testnegativt NIPT-svar vurderes som sikkert. I slike tilfeller er det svært sjeldent at et foster har trisomi 13, 18 21.
NIPT er inkonklusiv hos 3-4 %, som oftest fordi prøven er tatt så tidlig i svangerskapet at mengden DNA fra morkakecellene ikke er tilstrekkelig eller at mengden DNA fra den gravide er høyere enn vanlig (hyppigere hos overvektige kvinner). NIPT skal ikke tas før uke 10+0. Det er anbefalt at NIPT-prøven tas i tilknytning til eller etter ultralydundersøkelsen i uke 11+0-13+6, slik at svaret kan ses i sammenheng med resultat fra ultralydundersøkelsen.