2.3. Klassifisering av varianter
Klassifisering av varianter og variantnomenklatur skal være basert på internasjonalt anerkjente, standardiserte systemer og kriterier for variantbedømming. Det norske fagmiljøet innen medisinsk genetikk forutsettes å bruke omforente kriterier.
Laboratoriene skal bruke internasjonalt anerkjente kriterier for klassifisering, basert på gruppering av genetiske varianter i ulike hovedgrupper:
- ikke sykdomsgivende
- sannsynlig ikke sykdomsgivende
- variant med usikker klinisk betydning (VUS)
- sannsynlig sykdomsgivende
- sykdomsgivende
Laboratoriene anbefales å samarbeide med relevante klinikere og med kolleger ved andre laboratorier, spesielt om tolkning av varianter med usikker klinisk betydning.
Eksempler på internasjonalt anerkjente kriterier er retningslinjene fra American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG), European Society for Human Genetics (ESHG) og Association for Clinical Genomic Sciences (ACGS). Retningslinjene fra ACMG beskriver et objektivt system for variantbedømming basert på 5 ulike klasser. ESHG har videreutviklet systemet og foreslår en to-dimensjonal klassifisering hvor hver variant bedømmes både ut fra molekylære egenskaper og kliniske egenskaper (tar bl.a. hensyn til hva slags gen det er og penetrans).
Retningslinjene forventes å forbedres og modifiseres kontinuerlig, og laboratoriene må holde seg oppdatert om gjeldende retningslinjer. I noen tilfeller kan det være relevant å bruke genspesifikke retningslinjer for klassifisering. Disse skal også være internasjonalt anerkjente retningslinjer.
Gener bør navngis etter gjeldende nomenklatur fra HUGO Gene Nomenclature Commitee.
Sekvensvarianter og mindre delesjoner/duplikasjoner bør annoteres etter gjeldende nomenklatur fra Human Genome Variation Society (HGVS).
Kopitallsvarianter og kromosomendringer bør annoteres etter gjeldende nomenklatur beskrevet av The International System for Human Cytogenomic Nomenclature (ISCN).
For å sikre et likeverdig tilbud til pasienter/personer som får utført en genetisk undersøkelse, er det viktig at genetiske varianter som kan være relevante for problemstillingen, beskrives og tolkes likt i de ulike laboratoriene. Et felles rammeverk for variantfortolkning og variantnomenklatur er derfor nødvendig. Pasienter fra ulike helseregioner skal tilbys likeverdige tjenester.
Referanser
Lov om spesialisthelsetjenesten m.m. (spesialisthelsetjenesteloven) § 1-1 og § 2-2
Richards, S., Aziz, N., Bale, S., Bick, D., Das, S., Gastier-Foster, J., … and Rehm, H. L. on behalf of the ACMG Laboratory Quality Assurance Committee (2015). Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genetics in Medicine 17, 405-424.
Retningslinjer for variantklassifisering fra Association for Clinical Genomic Sciences (ACGS). (01.07.20)
ESHG/EuroGentest two-dimensional variant classification system (2019) (01.07.20)
Guidelines & Recommendations, Human Genome Variation Society (01.07.20)
Se også retningslinjer på nettsiden til Norsk selskap for humangenetikk
Klassifisering av varianter revurderes i henhold til internasjonale retningslinjer.
Når en ny pasient får påvist en variant som laboratoriet tidligere har klassifisert i kategori 2, 3 eller 4, bør laboratoriet revurdere klassifiseringen av varianten, med mindre det er kort tid siden siste klassifisering.
Reklassifisering av en tidligere rapportert variant bør utløse en ny svarrapport.
Ny svarrapport skal alltid sendes hvis:
- en variant med usikker klinisk betydning (VUS) reklassifiseres til sannsynlig eller sikker sykdomsgivende
- en variant med usikker klinisk betydning (VUS) reklassifiseres til sannsynlig ikke sykdomsgivende eller ikke sykdomsgivende
- en variant er feilklassifisert som sannsynlig eller sikker sykdomsgivende og viser seg å ikke være sykdomsgivende
- en variant er feilklassifisert som ikke sykdomsgivende eller sannsynligvis ikke sykdomsgivende og viser seg å være sykdomsgivende
Hvis det er kort tid siden varianten sist ble klassifisert (kortere enn 6–12 måneder), er det ikke nødvendig å gjøre en ny klassifisering med mindre laboratoriet er kjent med ny kunnskap om varianten, for eksempel at det er oppdaget ulik klassifisering. Rutiner for reklassifisering bør spesifiseres i laboratoriets lokale retningslinjer.
Hvis klassifiseringen av en genetisk variant endres, bør laboratoriet kontakte rekvirenter (behandlende lege, genetisk veileder) som tidligere har rekvirert diagnostikk ved laboratoriet, og som har fått tilbakemelding om varianten i svarrapporter.
Informasjon til pasienten bør formidles via behandlende lege, ev. genetisk veileder, for eksempel på bakgrunn av en ny svarrapport.
Anbefalingen er i tråd med retningslinjer fra European Society of Human Genetics.
Referanser
Lov om spesialisthelsetjenesten m.m. (spesialisthelsetjenesteloven) § 2-2
Matthijs, G., Souche, E., Alders, M., Corveleyn, A., Eck, S. Feenstra, I., … Bauer, P. (2016). Guidelines for diagnostic next-generation sequencing. European Journal of Human Genetics 24, 2–5. Anbefalinger fra EuroGentest og European Society of Human Genetics.
Laboratoriene klassifiserer de variantene de selv påviser i henhold til standardiserte internasjonale retningslinjer.
Hvis laboratoriene oppgir ulik klassifisering av en variant, er det viktig å avklare hva som er korrekt klassifisering. I tilfeller hvor ulik klassifisering kan begrunnes ut fra kliniske parametere, tilleggsanalyser, fenotype osv., kan det være behov for å presisere begrunnelsen for klassifiseringen.
Virksomheten som oppdager at laboratoriene har klassifisert en variant ulikt, har ansvar for å kontakte de laboratoriene som oppgir en annen klassifisering av variantene, for å få avklart situasjonen.
Laboratoriene kan dele genetiske varianter med laboratorier i andre virksomheter samt opprette kvalitetsregistre på ulike måter og med ulike lovhjemler, se brev fra Helsedirektoratet til landets medisinsk-genetiske avdelinger datert 23.01.2020. Nedenfor er noen eksempler på tilfeller der man lovlig kan dele genetiske varianter mellom virksomheter:
- Virksomheten kan dele tolkede genetiske varianter om en pasient med en annen virksomhet dersom formålet er å få en ny vurdering av den samme pasienten. Dette kan for eksempel være å diskutere tolkning av en ny variant som er observert hos pasienten.
- Virksomheten kan dele tolkede genetiske varianter om egen pasient for å yte helsehjelp til andre pasienter etter samtykke fra den personen opplysningene gjelder.
- Dersom en genetisk variant vurderes av den dataansvarlige å kunne anses å være anonym og det er ubetydelig risiko for å identifisere pasienten direkte eller indirekte, kan informasjonen deles som anonyme opplysninger.
Kvalitetssikringen av helsehjelpen til den enkelte pasient vil være en del av plikten til å yte forsvarlig helsehjelp. Dette innebærer at man for eksempel kan be om en "second opinion" av helsehjelpen man yter til en pasient, ved for eksempel be en kollega vurdere om helsehjelpen man yter er adekvat.
Det er mulig å dele personopplysninger mellom helseforetak, forutsatt at det foreligger blant annet rettslig grunnlag og tekniske løsninger for deling. Slik kan både pasientenes rett til personopplysningsvern og foretakenes plikt til å legge til rette for at helsepersonell kan yte forsvarlig helsehjelp oppfylles.
Referanser
Lov om helsepersonell m.v. (helsepersonelloven)
Lov om spesialisthelsetjenesten m.m. (spesialisthelsetjenesteloven)
Nye kriterier for anonyme helseopplysninger (nyhet 23.01.2010)
Sist faglig oppdatert: 17. juli 2020