Klassifisering av varianter og variantnomenklatur skal være basert på internasjonale retningslinjer
Klassifisering av varianter og variantnomenklatur skal være basert på internasjonalt anerkjente, standardiserte systemer og kriterier for variantbedømming. Det norske fagmiljøet innen medisinsk genetikk forutsettes å bruke omforente kriterier.
Laboratoriene skal bruke internasjonalt anerkjente kriterier for klassifisering, basert på gruppering av genetiske varianter i ulike hovedgrupper:
- ikke sykdomsgivende
- sannsynlig ikke sykdomsgivende
- variant med usikker klinisk betydning (VUS)
- sannsynlig sykdomsgivende
- sykdomsgivende
Laboratoriene anbefales å samarbeide med relevante klinikere og med kolleger ved andre laboratorier, spesielt om tolkning av varianter med usikker klinisk betydning.
Eksempler på internasjonalt anerkjente kriterier er retningslinjene fra American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG), European Society for Human Genetics (ESHG) og Association for Clinical Genomic Sciences (ACGS). Retningslinjene fra ACMG beskriver et objektivt system for variantbedømming basert på 5 ulike klasser. ESHG har videreutviklet systemet og foreslår en to-dimensjonal klassifisering hvor hver variant bedømmes både ut fra molekylære egenskaper og kliniske egenskaper (tar bl.a. hensyn til hva slags gen det er og penetrans).
Retningslinjene forventes å forbedres og modifiseres kontinuerlig, og laboratoriene må holde seg oppdatert om gjeldende retningslinjer. I noen tilfeller kan det være relevant å bruke genspesifikke retningslinjer for klassifisering. Disse skal også være internasjonalt anerkjente retningslinjer.
Gener bør navngis etter gjeldende nomenklatur fra HUGO Gene Nomenclature Commitee.
Sekvensvarianter og mindre delesjoner/duplikasjoner bør annoteres etter gjeldende nomenklatur fra Human Genome Variation Society (HGVS).
Kopitallsvarianter og kromosomendringer bør annoteres etter gjeldende nomenklatur beskrevet av The International System for Human Cytogenomic Nomenclature (ISCN).
For å sikre et likeverdig tilbud til pasienter/personer som får utført en genetisk undersøkelse, er det viktig at genetiske varianter som kan være relevante for problemstillingen, beskrives og tolkes likt i de ulike laboratoriene. Et felles rammeverk for variantfortolkning og variantnomenklatur er derfor nødvendig. Pasienter fra ulike helseregioner skal tilbys likeverdige tjenester.
Referanser
Lov om spesialisthelsetjenesten m.m. (spesialisthelsetjenesteloven) § 1-1 og § 2-2
Richards, S., Aziz, N., Bale, S., Bick, D., Das, S., Gastier-Foster, J., … and Rehm, H. L. on behalf of the ACMG Laboratory Quality Assurance Committee (2015). Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genetics in Medicine 17, 405-424.
Retningslinjer for variantklassifisering fra Association for Clinical Genomic Sciences (ACGS). (01.07.20)
ESHG/EuroGentest two-dimensional variant classification system (2019) (01.07.20)
Guidelines & Recommendations, Human Genome Variation Society (01.07.20)
Se også retningslinjer på nettsiden til Norsk selskap for humangenetikk