Hovedstrukturen til kodeverket er et multiaksialt alfanumerisk system hvor hver akse inneholder et definert område av koder med tilhørende kodetekst. Hver akse er identifisert med en bokstav-betegnelse som settes foran det aktuelle kodenummeret. Alle aksene er i prinsippet hierarkisk oppbygget slik at det man vil kode innenfor aksen kan kodes med et «overordnet» kodenummer eller et nærmere spesifisert «underordnet» nummer. Hierarkiet er fremstilt slik at alle kodene i kodeverket er angitt med en "nærmeste forelder", eksempelvis "T87010 høyre ovarium" har forelder "T87000 ovarium", som har forelder "T70205 gonade".
Med en slik hierarkisk oppbygning kan man legge seg på ulike presisjonsnivåer i diagnoseregistreringen. Kodeverket er ment å inneholde en tilstrekkelig mengde koder som det er viktig å kunne velge innenfor, men det kan være hensiktsmessig å begrense den enkelte patologiavdelings diagnosearkiv til et betydelig mindre antall koder.
Aksene i kodeverket består av:
Topografi (T)
omfatter anatomiske lokalisasjoner og strukturer, samt kroppens systemer og regioner.
Morfologi (M)
omfatter strukturelle forandringer i vev, celler og subcellulære enheter.
Sykdommer (S)
omfatter sykdommer og syndromer.
Etiologi (E)
omfatter årsaksfaktorer knyttet til sykdom.
Funksjon (F)
omfatter normale og abnorme funksjonelle tilstander og enheter.
Prosedyrer (P)
omfatter administrative, preventive, diagnostiske og terapeutiske handlinger knyttet til sykdom.
Innenfor hver akse vil enhver kode være oppført med en første bokstav som viser hvilken akse koden ligger i (enten T, M, S, E, F eller P), deretter etterfulgt av fem tall, eller kombinasjoner av tall og bokstaver.
Innenfor noen av aksene er det etablert ulike regler for oppbygging av kodeverdi, se informasjon om oppbygningen av hver akse.
I kodeverksfilen og på FinnKode er det etablert strukturelle koder for hver av hovedaksene slik:
Kode Kodetekst
E Etiologi
F Funksjon
M Morfologi
P Prosedyre
S Sykdom
T Topografi