Innenfor patologidiagnostikk vil hovedvekten bli lagt på koding av morfologiske forandringer. Det kan likevel være hensiktsmessig å knytte bestemte sykdomsentiteter til en T-kode.
Kodene i sykdomsaksen er inndelt i kategorier:
S00700 infeksjon
S10000 stoffskiftesykdom
S20000 endokrinopati
S30500 leddsykdom
S40000 syndrom i det hematopoetiske system
S50000 multiple malformasjoner
S80000 nevromuskulær sykdom/syndrom
S90000 psykiatrisk sykdom
Ikke alle "sykdomskategorier" er tildelt en overordnet felleskode, dette gjelder bl.a. gastrointestinale, urogenitale og kardiovaskulære sykdommer.