Funksjonskodene beskriver normale og abnorme funksjonelle tilstander og enheter. Kodene kan være knyttet til bl.a. ernæring, operasjonsstatus, behandling, transplantasjonsstatus, reseptorstatus, fertilitet, forgiftning og skader. F-aksen kan også benyttes til å kode en del immunologiske funksjoner samt dybdevekst av svulster.
Det er de senere årene opprettet mange koder for å angi status for protein- og genuttrykk. Bruk av disse kodene kan bevare M-aksen som rene morfologi-koder, som heller kan suppleres med tilleggskoder som beskriver de enkelte protein- eller genfeil det undersøkes for. Enkelte av disse kodene, som ved biomarkør-angivelse, følger ulike mønstre der siste siffer angir status. F.eks. "1" angir positiv eller normal, mens "5" angir negativ.
Eksempel:
F29521 østrogenreseptor positiv
F29525 østrogenreseptor negativ
FE13E1 BRAF genstatus normal
FE13E2 BRAF gen mutert
FE13EX BRAF genfusjon