Helsedirektoratet gjør jevnlig analyser og kontroller av aktivitetsgrunnlaget for ISF-refusjon, både som en del av utviklingsarbeidet og som en del av kontrollrutinene. Direktoratet identifiserer ulike avvik og vurderer om det er grunnlag for å etablere en kontrollsak. I tilfeller der det reises tvil om medisinsk koding vil Helsedirektoratet som hovedregel melde saken til Avregningsutvalget for vurdering.
Helsedirektoratet behandler også flere andre saker enn de som går til vurdering i Avregningsutvalget. Det kan dreie seg om saker som kommer inn til direktoratet fra sektoren (helseforetak, institusjoner m.v.), saker som i større grad dreier seg om administrative og organisatoriske forhold, samt saker som tidligere er behandlet i Avregningsutvalget og som krever videre oppfølging.
Helsedirektoratet gir en tilrådning om endelig ISF-avregning til Helse- og omsorgsdepartementet (HOD) i oktober/november, etter et gitt aktivitetsår. HOD foretar endelig beslutning om avregning og tar dette videre i styringslinja med de regionale helseforetakene.