Medisinsk biokjemi
Medisinsk biokjemi omfatter læren om biokjemiske, fysiologiske og cellulære prosesser i den menneskelige organisme under normale og patologiske tilstander.
Noen komponenter har døgnvariasjoner med hensyn til konsentrasjon i kroppen. Binyrebarkhormonet kortisol er et eksempel på det, med store variasjoner i målinger utført morgen og kveld. Dersom man velger å lage en analysepakke av typen «Kortisolspeil», må kortisol være representert med to ulike målinger i løpet av samme døgn. Prøvetidspunkt kan framgå som en separat opplysning sammen med analysekoden, men NPU-terminologien har også koder for spesifikke tider, f.eks. T08 referer til kl. 8 om morgenen. I norske bruksnavn kan begrepene «morgen» og «kveld» benyttes, se Retningslinjer for norske bruksnavn i NLK [10].
Den faglige referansegruppen for medisinsk biokjemi har anbefalt angivelser av arbitrære svar på følgende måte ved å benytte koder fra kodeverket Tekstlige resultatverdier:
- Positiv/Negativ i tilfeller med to valgmuligheter
- Ved flere grader av positivitet kan det angis med (n)+ ved n grader av positivitet, for eksempel 1+, 2+, 3+.
Medisinsk mikrobiologi
Innen medisinsk mikrobiologi påvises patogene mikroorganismer og/eller kroppens reaksjon på en mikrobe ved hjelp av dyrkning, mikroskopi, antigen-/antistoff-påvisning eller påvisning av nukleinsyresekvens(er). Dersom det påvises patogene mikroorganismer, vil det ofte være aktuelt å utføre resistensbestemmelse overfor aktuelle antimikrobielle midler.
Takson
Koder med egenskapsarten «takson» benyttes når analysesvaret er taksonomisk navn på en mikroorganisme.
Eksempel:
U—Schistosoma(DNA); taxon = Schistosoma japonicum
Dyrkningskoder
Dersom koden har «dyrkning» i norsk bruksnavn, skal egenskapsarten som hovedregel være "arbitrær konsentrasjon". Da besvares koden/analysen med et arbitrært svar som f.eks. «Negativ», «Ingen vekst», «Negativ» osv. se Retningslinjer for norske bruksnavn i NLK [10] for bruk av «dyrkning» i norske bruksnavn. Kodeverket for tekstlige resultatverdier [9] benyttes for standardiserte svar.
Eksempel:
Syst(spec.)—Actinomyces; arb.c.(proc.) = Ikke påvist
Anatomisk lokalisasjon og Prøvemateriale
For å angi prøvetakingslokalisasjon og prøvemateriale, bør de nasjonale kodeverkene for «Anatomisk lokalisasjon» og «Prøvemateriale» benyttes. I de tilfeller der koder har uspesifikt system, «system (spesifikasjon)», skal disse kodeverkene benyttes for å angi tilstrekkelig informasjon til laboratoriet. Dersom det finnes systemspesifikke koder, er det anbefalt at disse benyttes.
Eksempel på systemspesifikk kode:
Secr(Vestibulum nasi)—Staphylococcus aureus(DNA; Methicillin resistant); arb.c.(proc.) = ?
Eksempel på kode med uspesifikk system:
Syst(spec.)—Staphylococcus aureus(Methicillin resistant); arb.c.(proc.) = ?
Resistensbestemmelse
En mikrobiologisk dyrkning vil kunne resultere i oppvekst av en eller flere typer mikrober. Laboratoriet vil da utføre resistensbestemmelse mot et utvalg antimikrobielle midler for hver enkelt mikrobe.
Det finnes koder for antimikrobielle midler, og disse kodene er uavhengig av system. Alle antimikrobielle midler tilhører derfor minst én overordnet listekode. Det finnes koder for hvert enkelt antibiotika, der følsomheten angis ut fra egenskapsarten.
Det er mange forskjellige listekoder med ulike systemer og skalatyper, samt antibiotikakoder med og uten enheter. Listekoder med ratioskala har underliggende antibiotikakoder med egenskapsarten «terskel stoffkonsentrasjon» og enhet. Listekoder med ordinalskala har underliggende antibiotikakoder med egenskapsarten «følsomhet» uten enhet.
Eksempel på koder med følsomhet:
NPU13751 U(spec.)—Bacterium(spec.); suscept.(list; ord.sc.; proc.)
NPU06045 Syst—Ampicillin; suscept. = ?
NPU06015 Syst—Cefotaxime; suscept. = ?
NPU06019 Syst—Ceftazidime; suscept. = ?
NPU06037 Syst—Meropenem; suscept. = ?
NPU06047 Syst—Trimethoprim; suscept. = ?
NPU06048 Syst—Nitrofurantoin; suscept. = ?
Eksempel på koder med ratioskala:
NPU12956 Syst(spec.)—Bacterium(spec.); suscept.(list; rat.sc.; proc.)
NPU13502 Syst—Amikacin; threshold subst.c. = ? µmol/L
NPU13503 Syst—Amoxicillin; threshold subst.c. = ? µmol/L
Der resistensbestemmelse utføres med måling av MIC (Minimal Inhibitory Concentration)-verdier er det opprettet NLK-koder for aktuelle antimikrobielle midler der MIC-verdier angis med enhet mg/L.
Eksempel:
Syst—Cefoxitin; threshold mass c. = ? mg/L
Påvisning av DNA og RNA hos mikrober og virus
I økende grad benyttes påvisning av DNA eller RNA hos mikrober og virus i ulike prøvematerialer. Svaret kan for eksempel angis som «positiv» eller «negativ», der egenskapsarten er arbitrær konsentrasjon.
Eksempler:
Syst(spec.)—Respiratory syncytial virus(RNA); arb.c.(proc.) = ?
Secr(Urethra)—Chlamydia trachomatis(DNA); arb.c.(proc.) = ?
For en del komponenter er det aktuelt å gjøre kvantitering av DNA eller RNA, og egenskapsarten kan da være kopitall/L eller IU/L, hvis knyttet til en internasjonal standard.
Eksempel:
P—Human immunodeficiency virus 1(RNA); num.c.(proc.) = ? × 10³/L
Flere laboratorier gjør direkte sekvensering av 16S rRNA-genet i prøvematerialer for å undersøke om det er bakterier til stede i prøven, og i så fall hvilke. Tilsvarende benyttes sekvensering av ITS-genet for å påvise sopp. Slike analyser kan i enkelte tilfeller også være aktuelle for å identifisere mikroorganismer som er dyrket i laboratoriet. Egenskapsarten i svaret er da et mikrobenavn (takson).
Eksempler:
Syst(spec.)—Bacterium(DNA); taxon(proc.) = ?
Culture(spec.)—Bacterium(DNA); taxon(proc.) = ?
Det finnes koder for sekvensering av genomet til bakterier og virus, disse har egenskapsartene beskrevet i kapitel 3. Bruken av disse egenskapsartene er lik som for humant DNA.
Eksempler:
Syst(spec.)—Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(RNA); variation(proc.) = ?
Syst(spec.)—Genome(SARS-CoV-2); seq.var.(proc.) = ?
Koder med system "Kultur"
Det er opprettet noen koder med system Kultur og prefiks Kult. Disse kodene kan brukes når man har en oppformering av spesifikke mikroorganismer fra den opprinnelige pasientprøven. Slike kulturer kan typisk brukes dersom et lokalt mikrobiologisk laboratorium sender isolater videre til et sentralt nasjonalt laboratorium til typebestemmelse (epidemier, matvarekontroll etc.). Det kan også ha betydning om identifikasjon av bakteriene eller feks MRSA/MRSA-genene gjøres direkte på prøvemateriale eller på kultur etter dyrkning på skål. Hvorvidt det er gjort det ene eller det andre har betydning hvis det i etterkant oppstår en diskusjon om analysesvarets validitet.
Klinisk farmakologi
Klinisk farmakologi omhandler virkningen og omsetningen av kroppsfremmede stoffer (det vil si legemidler, rusmidler og gifter) på/i mennesker, og den kliniske bruken av legemidler. Analysevirksomheten innenfor klinisk farmakologi deler seg grovt sett i to: legemiddelanalyser og rusmiddelanalyser. I tillegg utføres noen få analyser av andre kroppsfremmede stoffer. Analysevirksomheten innenfor klinisk farmakologi omfatter også farmakogenetiske analyser.
Legemiddelanalyser
Legemiddelanalyser utføres i all hovedsak i blod, det vil si enten fullblod, serum eller plasma, avhengig av typen legemiddel og indikasjon for prøvetaking. Legemiddelanalyser anvendes for mange formål (for eksempel optimalisering av dose, kontroll av etterlevelse, vurdering av ruspåvirkning osv.) og innenfor mange terapiområder (for eksempel antidepressiva, antipsykotika, antibiotika og epilepsimedisiner). Analysene bestilles stort sett fra fastleger og sykehusavdelinger, eventuelt av politi i rettslig sammenheng.
Rusmiddelanalyser
Rusmiddelanalyser utføres i mange biologiske materialer (primært urin, men også fullblod, serum, plasma, urin, spytt og hår) [16]. Rekvirerende instanser kan være politi, domstoler, fengselsvesen, barnevern, forsvaret, bedriftshelsetjeneste, rusbehandlingsinstitusjoner, sykehusavdelinger, fastleger og en rekke andre. Formålet med analysene kan være alt fra etterforskning av et unaturlig dødsfall, til førerkortsaker eller oppfølging av rusmisbrukere i behandling. Til sammen flere hundre rusmidler og tilhørende omdanningsprodukter analyseres i Norge, og stadig flere tilkommer: de siste årene har det i Europa vært en eksplosjonsartet fremvekst av nye designer drugs. En oversikt over det nasjonale analyserepertoaret og etter hvert også NLK-koder, finnes i Farmakologiportalen [17].
Andre analyser
Klinisk farmakologiske laboratorier analyserer også noen eksogent tilførte substanser som ikke faller inn under kategoriene legemidler eller rusmidler. Dette omfatter toksiske alkoholer (som metanol og etylenglykol), toksiske grunnstoff (som thallium og kvikksølv), algetoksiner og lignende. I noen tilfeller utføres det også analyser i ikke-biologiske prøver, for eksempel i tilfeller der det er viktig å identifisere hvilke(n) substans(er) en tablett eller et narkotikabeslag inneholder.
Confirm-koder
Det finnes flere koder i NPU og NLK med egenskapsarten «confirm» som brukes for å undersøke om en analytt eller komponent kan påvises eller ikke. Disse undersøkelsene er ofte betegnet som «screeningundersøkelser» og vil kunne følges opp av nærmere undersøkelser. Noen confirm-koder har vært benyttet ved doping undersøkelser utført etter forskrift fra den Internasjonale Olympiske Komité (IOC), andre for å avsløre narkotikamisbruk. Den faglige referansegruppen for klinisk farmakologi har imidlertid besluttet at confirm-kodene ikke skal benyttes i Norge. Confirm-kodene innenfor klinisk farmakologi er derfor satt ugyldige i NLK. Som følge av dette har det vært behov for å opprette enkelte erstatningskoder.
Betegnelse av legemidler og kjemiske komponenter
I NLK angis legemidler i hovedsak slik de er skrevet i de godkjente norske preparatomtalene hos Statens legemiddelverk [18]. I tillegg er det en del legemidler som ikke er markedsført i Norge, og noen omdanningsprodukter som ikke er navngitt i preparatomtalene. Disse har referansegruppen fornorsket etter samme prinsipper som øvrige legemiddelnavn («perphenazine» oversettes til «perfenazin», «paroxetine» til «paroksetin», etc.). Rusmidler med deres omdanningsprodukter benytter i hovedsak navnene slik de er skrevet i oversikten hos det europeiske rusmiddel-overvåkningsorganet European Monitoring Centre for Drugs and Drug Addiction (EMCDDA) [19]. Referansegruppen har fornorsket navnene etter samme prinsipper som for legemidler.
Immunologi og transfusjonsmedisin
Immunologi og transfusjonsmedisin omfatter undersøkelser og utredninger av defekter og forstyrrelser i immunsystemets funksjon knyttet til diagnostikk og behandling av pasienter, immunhematologiske analyser i forbindelse med transfusjon og svangerskap, samt all virksomhet knyttet til produksjon, lagring, testing, utlevering og bruk av blodkomponenter. Faget omfatter også immunologisk utredning knyttet til organ-, vev- og stamcelletransplantasjoner.
Klinisk immunologi
I gruppen av undersøkelser som måler immunsystemets funksjon finnes analyser for påvisning av autoantistoffer, antistoffer rettet mot allergener og analyser for måling av proteiner som er viktige for normal funksjon av immunsystemet f.eks. komplementfaktorer, cytokiner og immunglobuliner. I tillegg finnes det analyser som måler overflate- og intracellulære markører på celler for undersøkelser av normalt forekommende og patologiske cellepopulasjoner i immunsystemet. Det finnes også funksjonelle undersøkelser for måling av respons på ulike stimuli. Det finnes NLK-koder for de fleste analyser som utføres innen dette fagområdet med hensyn til autoantistoffer, proteinanalyser og allergologiske analyser. Når det gjelder cellulær immunologi finnes det NLK-koder for en del cellepopulasjoner, funksjonelle undersøkelser samt flowcytometriske immunfenotypeundersøkelser.
Allergipaneler
Innenfor fagområdet allergologi brukes uttrykket panel (matvarepanel, inhalasjonspanel) som en fellesbetegnelse når undersøkelsen innebærer at sensibilisering mot flere allergenkilder kan påvises. Dette angis som spesifikasjoner til egenskapsarten. Slike paneler er ofte utstyrs- eller leverandøravhengige, men NLK-koden gir i de fleste tilfeller en dekkende beskrivelse av hvilke allergener panelet inneholder. Unntaksvis kan det være nødvendig å referere til reagensleverandøren i svarrapporten for å formidle eksakt hva resultatet innebærer.
Transfusjonsmedisin
Transfusjonsmedisin omfatter tradisjonell blodbankvirksomhet med verving, innkalling, tapping, intervju og øvrig service overfor blodgivere samt fremstilling av blodkomponenter og forlikelighetstesting før utlevering til pasient. Videre omfatter faget andre immunhematologiske analyser i forbindelse med transfusjon og ved svangerskap, korrekt bruk av blod, samt alle forhold knyttet til hemoterapi og kliniske effekter av dette. Faget inkluderer analyser som er nødvendig for å håndtere de faglige forhold knyttet til denne virksomheten. NLK inneholder flere koder for transfusjonsmedisin.
Transplantasjonsimmunologi
NLK har koder for analyser relatert til HLA-typinger, HLA-antistoffer og forlikelighetsundersøkelser av vev, men foreløpig er ikke disse kodene dekkende for all aktivitet innenfor fagfeltet.
Medisinsk genetikk
Medisinsk genetikk omfatter undersøkelser og tolkning av genetiske faktorers betydning for forekomst av sykdom, misdannelser og utviklingsforstyrrelser hos mennesker, eller årsaker knyttet til både arv og andre miljømessige faktorer. I tillegg til undersøkelser av genetiske normalvariasjoner som kan ha klinisk betydning.
I Norge skiller fagområdet medisinsk genetikk seg ut fra de andre fagfeltene ved at de har et sett med NOR-koder som i praksis fungerer som et prosedyrekodeverk. Det vil si de er ikke bygget opp etter prinsippene til NPU-terminologien og følger heller ikke NPU-syntaksen.
Istedenfor inneholder NOR-kodene informasjon om aktuell aktivitet/prosedyre som benyttes, og derfor er ikke disse kodene egnet for primærformålet til NLK (entydig rekvirering og svar av laboratorieundersøkelser). Refusjon for NOR-koder under fagområdet medisinsk genetikk, kan kun kreves av laboratorier med godkjente spesialister innen medisinsk genetikk [1].
Patologi
Fagområdet patologi mottar vev- og celleprøver og vurderer de anatomiske forandringene som sykdom og skade kan forårsake. Patologen stiller diagnose på innsendt materiale ved hjelp av makro- og mikroskopisk vurdering inkludert en rekke tilleggsundersøkelser. I tillegg vil også patologen kunne predikere prognose og effekt av terapi. Fagområdet mottar også blodprøver og andre prøvematerialer og utfører obduksjoner.
NLK inneholder åtte ulike NOR-koder for fagområdet patologi. Kodene er utarbeidet i samarbeid med Norsk patologforening ved opprettelsen av NLK og er beregnet for bruk ved rekvirering av undersøkelser. Norsk Patologikodeverk (NORPAT) er patologenes diagnosekodeverk [21].