2. Beskrivelse av NLK

Kodedefinisjon

En kode i NLK består av en unik kodeverdi, i tillegg til elementer som beskriver koden: system, komponent, egenskapsart og enhet. I tillegg kan disse elementene spesifiseres ytterligere med "spesifikasjon". Kodedefinisjonen sammenstiller alle disse elementene og er derfor den unike beskrivelsen av undersøkelsen:

System(spesifikasjon)—Komponent(spesifikasjon); egenskapsart(spesifikasjon) = ? enhet

Kodedefinisjonen er avgjørende for betydningen av koden. Hvert element i kodedefinisjonen har en bestemt termreferanse. Dette er nødvendig for en entydig forståelse av kodeverket og sikrer at terminologien består over tid. NPU-terminologien setter føringer for hvilke databaser som kan benyttes som termreferanser. Eksempler på valide termreferanser som brukes i NPU-terminologien kan finnes på www.npu-terminology.org [3]

Kodeverdi

Kodeverdien er bygget opp av prefikset «NPU» eller «NOR», etterfulgt av fem sifre.

NPU-prefikset viser til at dette er en internasjonal kode, fundert på NPU-kodeverket som vedlikeholdes av det internasjonale NPU-sekretariatet. Dette betyr at koden, og alle attributtverdier tilknyttet koden, er internasjonalt fastlagt og ikke kan endres, bare oversettes til eget språk. NPU-kodene i NLK er et nasjonalt utvalg av NPU-kodeverket. De er direkte oversettelser av de tilsvarende engelske kodene. Kodene gis et egnet norsk bruksnavn [10].

NPU-kodeverket tillater også nasjonale utvidelser. Kodeverdier i området 05000-05999, 15000-15999, 25000-25999 osv. er avsatt til nasjonale formål. Norske koder i dette området vil bare ha betydning i Norge, og har prefikset «NOR». NOR-koder brukes i tilfeller der det er nasjonale behov for koder som ikke kan etableres i det internasjonale NPU-kodeverket, for eksempel når nasjonale standarder, tradisjoner eller kultur bryter med prinsippene for NPU-terminologien.

System

NPU-terminologien gir ikke informasjon om prøvemateriale eller forhold ved prøvetakningen. Systemet angir den del av pasienten som undersøkes på et gitt tidspunkt (plasma, spinalvæske, nyrer osv.) eller pasienten som helhet. Dette prinsippet er sentralt i NPU-terminologien og betyr at det ikke finnes NPU-koder for «serum-undersøkelser». Serum er en væske som fremstilles ved etterbehandling av en blodprøve, og er ikke en naturlig del av pasienten. Formålet med å fremstille og undersøke serum, er som regel å få opplysninger om tilstanden i pasientens plasma på prøvetagningstidspunktet. Resultatene kodes derfor som plasmaundersøkelser.

Det finnes koder som har «System (spesifikasjon)» som system. Disse kodene skal benyttes til sjeldne systemer, der det ikke finnes en NLK-kode med ønsket, spesifisert system. Prøvematerialet og lokalisasjon prøven er tatt fra, bør angis som tilleggsopplysning, se kodeverkene «Prøvemateriale» (ID=8351) og «Anatomisk lokalisasjon» (ID=8352) [9], Det anbefales å benytte NLK-koder med spesifisert system, så langt det er mulig. Systemangivelse er en integrert del av NPU-terminologien og gjør resultatene bedre egnet til gjenbruk og statistikk.

System spesifikasjon

Noen ganger er det behov for å spesifisere systemet ytterligere. Et eksempel på dette er når plasma stammer fra arterieblod. Da kan dette angis som «Plasma (arterielt blod)», i forkortet versjon: «P(aB)». I dette eksemplet angir «P» systemet og «(aB)» er systemspesifikasjonen.

Koder i NLK kan ha systemspesifikasjonen «spec.», som er forkortelsen for "spesifikasjon". Dette innebærer at systemet må spesifiseres ytterligere. Et eksempel på dette er «Hud(spec.)». Her indikerer «(spec.)» at man skal spesifisere hvor på huden prøven er tatt. Til dette formålet kan man benytte kodeverket «Anatomisk lokalisasjon» (OID=8352) [9].

Komponent

Komponent angir eksakt hvilken analytt som analyseres, uavhengig av hvilket system den tilhører eller er tatt fra. For å være en gyldig komponent, må den finnes med en internasjonal termreferanse. Komponenten i NLK er lik komponenten i kodedefinisjonen, men som hovedregel med norsk oversettelse.

Komponent spesifikasjon

I noen tilfeller blir komponenten spesifisert ytterligere og denne informasjonen står da i parentes rett etter komponenten.

Eksempel:

Thrombocytes antibody(IgG); arb.c.(proc.) = ?

Eksempelet viser spesifisering av immunglobulinisotypen G (IgG) for komponenten trombocyttantistoff.

Egenskapsart

Egenskapsart (på engelsk: kind-of-property) viser til hvilken type egenskap ved system og komponent resultatet beskriver. For eksempel vil egenskapsarten «farge» kunne brukes for å angi fargen «gul». Tabellen under viser noen eksempler på egenskapsarter, for fullstendig oversikt og beskrivelse av egenskapsarter, se Dynamic NPU Manual [20].

Egenskapsart spesifikasjon

Overordnet kan spesifikasjoner til egenskapsart ses på som angivelse av prosedyren. Dette kan f.eks. være referanser, resultatskala- eller skalatype, ulike tidsangivelser osv. I enkelte koder henvises det til internasjonale referansestandarder, og i slike tilfeller har resultatet enhet International units (IU).

Eksempel:   

P—Immunoglobulin E; arb.subst.c.(IRP 75/502; proc.) = ? × 10³ IU/L

Enhet

Enhet viser til hvilken måleenhet resultatet av analysen eller undersøkelsen uttrykkes i (hvilken enhet som besvares i meldingen).

I NLK brukes primært SI-enheter, der grunnenhetene er sekunder, meter, kilogram osv. Avledede SI-enheter dannes som et produkt av grunnenheter, eventuelt i form av en positiv eller negativ potens. Som eksempel: Volum angis som m3, stoffmengdekonsentrasjonen mol/m3 (i praksis brukes mol/L), massekonsentrasjon kg/m3 (i praksis brukes g/L). Utover disse brukes også «SI-aksepterte» enheter som ikke inngår i selve SI-systemet, eksempelvis liter, minutt og time.

I de tilfeller der enheten ikke uttrykkes som SI-enhet, aksepterte- eller avledede SI-enheter, angis dette med «arbitrær» foran den aktuelle egenskapsarten. Eksempelvis vil enheten International Units (IU) være definerende enhet ved bruk av en rekke internasjonale referansestandarder. Enheten i svaret for slike analyser vil kunne være for eksempel IU/L. Faktorsymbolene som for eksempel milli (m), mikro (µ) og pico (p), er forbeholdt SI-enhetene, derfor uttrykkes potenser av enheten IU som potenser av 10. 

Eksempler:

P—Chorionic Gonadotropin; arb.subst.c.(IS 75/537; proc.) = ? IU/L

P—Immunoglobulin E; arb.subst.c.(IS 11/234; proc.) = ? × 10³ IU/L

For noen undersøkelser kan variasjonen av måleområdet være så stort at det må benyttes flere måleenheter, f.eks. µmol og mol, mL og L. Dette innebærer at kodeverket har koder som fremstår svært like, men som har ulik enhet. Eksponenter angis i henhold til SI-systemet som x10E<tall>, f.eks. 10⁹ eller 10^-9 oppgis som: x 10E9 eller x 10E-9. I den engelske kodedefinisjonen i NLK-filen oppgis eksponenter i enhet som hovedregel på følgende måte: 10⁹.

For å redusere risikoen for feiltolkninger av svar, tillater NPU-terminologien at koder som har likt system, komponent og egenskapsart, kun kan ha enheter som kan skilles med en faktor på 1000.

Eksempler:

Asc—Leukocytes; num.c. = ? x 103/L

Asc—Leukocytes; num.c. = ? x 106/L

Asc—Leukocytes; num.c. = ? × 109/L

Der NLK-koden ikke presiserer enhet, f.eks. ved resultatangivelse « = ? (p.d.e.)», er det prosedyren som avgjør hvilken enhet som benyttes. Forkortelsen p.d.e. står for prosedyredefinert enhet.

Enheten prosent (%) er ikke en godkjent enhet i NPU-terminologien med unntak for CD-markør-koder [22]. Dette har vært et kjerneprinsipp i terminologien for å redusere risikoen for at koder med enhet promille og enhet 1 skal bli forvekslet/feiltolket. I Norge opprettes det nasjonale NOR-koder ved behov for enheten prosent (%), og dette vurderes for hvert enkelt tilfelle der det meldes behov for dette.

Norsk bruksnavn

Norske bruksnavn bygges som hovedregel opp av et prefiks som er en forkortelse av systemet, etterfulgt av bindestrek og en norsk angivelse av komponenten i kodedefinisjonen. Se «Retningslinjer for norsk bruksnavn i NLK» [15], for mer informasjon og regler for utforming av norske bruksnavn.

Norsk bruksnavn skal ikke erstatte kodeverdien som identifikasjon av et resultat. Kodeverdien er den unike identifikator, mens norske bruksnavn i NLK kan være like for ulike koder.

Primært og sekundær fagområde

Laboratorier i Norge er organisert ulik, og det kan være ulike oppfatninger når det gjelder hvilket fagområde en NLK-kode bør tilhøre. For å håndtere administrasjon og sortering, er det innført primært og sekundært fagområdet i NLK.

Under «Primært fagområde» angis den fagspesialteten som i Norge har det faglige hovedansvaret for koden i NLK, og som blant annet deltar i utarbeidelse av norsk bruksnavn. Under «Sekundært fagområde angis fagspesialteten som kan ha et sekundært faglig ansvar- eller være relevant for koden Disse faglige eierskapene er veiledende da grensene mellom laboratoriefagene kan være ulike og i endring. Fagområdene i NLK benyttes i forbindelse med utsatt innsyn i Pasientens prøvesvar. Les mer om dette på nettsiden til Pasientens prøvesvar - Helsedirektoratet [23].

Gruppering

Hver kode i NLK får også tildelt en faglig gruppering. Grupperingene er utarbeidet i samarbeid med referansegruppene til NLK, og skal gjøre det lettere å sortere ut aktuelle koder innenfor et fagfelt/-område.

Feltene til NLK

I tabellen under beskrives de ulike feltene i NLK:

Molekylærgenetiske analyser (humane)

Molekylærgenetikk omfatter primært undersøkelser av humane gener og kromosomer, men også f.eks. undersøkelser relatert til bestemte genetiske stoffskiftedefekter. I motsetning til NOR-kodene med fagområde medisinsk genetikk, kan de molekylærgenetiske kodene benyttes på tvers av de andre fagfeltene som også analyserer humant DNA.

Alle gener navngis ifølge nomenklaturen til Human Genome Organisation (HUGO) Gene Nomenclature Committee (HGNC) [11]. HGNC-nomenklaturen for et gen består av et gennavn og et kort unikt gensymbol. Siden gennavnene som regel er svært lange, anvendes gensymbolet i NPU-terminologien. For ikke å forveksle det unike gensymbolet med forkortelser av annen betydning, tilføyes «-gen» etter gensymbolet i både komponent og norsk bruksnavn. Genvarianter eller strukturelle endringer navngis etter anbefalingene til Human Genome Variation Society (HGVS) [12]. I tillegg er nomenklaturen og navnsettingen av disse DNA-analysene basert på IUPACs tekniske rapport [13], som bygger på HGNC og HGVS sine anbefalinger. Alle genvarianter bør beskrives med bruk av NG-referansesekvens og alle referansesekvenser må alltid oppgis sammen med versjonsnummer.

Molekylærgenetiske egenskapsarter

I NLK benyttes hovedsakelig følgende typer egenskapsarter for molekylærgenetiske analyser, der alle resultater skal angis etter HGVS sine anbefalinger:

Sekvensvariasjon (seq.var.)

«Sekvensvariasjon» brukes som egenskapsart når komponenten (sekvensen/varianten) som er oppgitt i NPU-koden er blitt fullt ut analysert. Det vil si at man vet alle de fire mulighetene for nukleotider i begge alleler i den oppgitte komponent, enten det gjelder hele genet eller en avgrenset sekvens/variant.  Dette gjelder også selv om kun klinisk relevante avvik rapporteres. Svaret beskrives narrativt.

Eksempel:

DNA(spec.)—CYP2D6 gene(NG_008376.3:g.6750); seq.var. = NG_008376.3:g.6750delA

Indikerer at det spesifiserte området i komponenten er fullt ut analysert, og relevant sekvensavvik er oppgitt i svaret.

Variasjon (variation)

«Variasjon» er den mest uspesifiserte egenskapsarten innenfor molekylærgenetiske analyser. Denne egenskapsarten benyttes når den spesifiserte komponenten i kodedefinisjonen er blitt analysert, men ikke nødvendigvis på et slikt nivå at man kjenner alle de fire mulige nukleotid-alternativene. I tillegg kreves det ikke at begge alleler er undersøkt. Dette er i motsetning til egenskapsarten «sekvensvariasjon», hvor det kreves at komponenten er fullt ut kjent. I tilfeller der et helt gen er listet med egenskapsarten "variasjon", innebærer det at det overlates til laboratoriet å beskrive hva som er analysert, og med hvilken metode. For eksempel at laboratoriet har gjort en undersøkelse av de mest kjente variantene som er forbundet med sykdom. Svaret beskrives narrativt.

Eksempel:

DNA(spec.)—FSHR gene(NG_008146.1:g.168863C>A); variation(proc.) = NG_008146.1:g.168863[C>A]

Indikerer at oppgitt sekvens av FSHR-genet er analysert. Svaret viser den spesifiserte sekvensvarianten for ett allel, mens det andre allelet ikke er undersøkt/kjent. Undersøkelsen er utført i henhold til prosedyre definert av laboratoriet.

Kopitallsvariasjon (cnv)

Egenskapsarten «kopitallsvariasjon», eller «copy number variation» (cnv), brukes til å beskrive strukturelle variasjoner i form av antall kopier av et gen eller en sekvens, sammenliknet med en referansesekvens. Denne egenskapsarten er ment for DNA-sekvenser større enn ca 1 kb, og ikke for kortere sekvenser som for eksempel tandem repeterte sekvenser (tandem repeats). Kopitallsendringer beskrives narrativt i svaret.

Eksempel:

DNA(P)—EGFR gene; cnv(proc.) = tekstlig svar

Innebærer at EGFR-genet er blitt analysert for kopitallsendringer. Undersøkelsen er utført i henhold til prosedyre definert av laboratoriet.

Strukturvariasjon (struc.var.)

Egenskapsarten «strukturvariasjon» brukes til å beskrive strukturelle endringer (inversjoner, translokasjoner, insersjoner og delesjoner) av DNA-områder større enn ca. 1 kb i en eller flere deler av den oppgitte sekvensen, sammenliknet med referansesekvensen. Strukturendringer besvares narrativt.

Eksempel:

DNA(spec.)—CYP2D6 gene(NG_008376.3:g.1_8953del); struc.var.(proc.) = tekstlig svar

Innebærer at det spesifiserte området i komponenten er blitt analysert for delesjoner, undersøkelsen er utført i henhold til prosedyre definert av laboratoriet.

Kategori (category)

Dersom resultatet er en klassifisering med et begrenset og kjent verdisett, brukes egenskapsarten «kategori».

Eksempel:

DNA(spec.)—HLA-DQB1 gene; category(proc.) = aktuell undergruppe

Innebærer at laboratoriet angir hvilke undergrupper av HLA-DQB1-genet det undersøkes for.

Entitisk antall (entitic num.)

Egenskapsarten entitisk antall indikerer at den spesifiserte sekvensen/varianten i komponenten har blitt analysert med tanke på å bestemme zygositet (homozygot/heterozygot). Et slikt kvantitativt mål indikerer antall per enhet (av pasientens DNA), og resultatet kan være «0» (den aktuelle sekvensen/varianten i komponenten finnes ikke), «1» (ett eksemplar, heterozygot for den aktuelle sekvensen/varianten) eller «2» (to eksemplarer, homozygot for den aktuelle sekvensen/varianten)

Eksempel:

DNA(spec.)—APOB gene(NG_011793.1:g.42786G>A); entitic num.(0 1 2) = 2

Innebærer at den spesifiserte sekvensen i komponenten er undersøkt, og er funnet å være homozygot.

Dersom man kun analyserer hvorvidt en spesifikk sekvens/variant er til stede, så benyttes egenskapsarten «arbitrært entitisk antall». Mulige resultater for denne egenskapsarten vil være «0» (den aktuelle sekvens/variant det analyseres for er ikke til stede) og «1» (den aktuelle sekvens/variant det analyseres for er til stede i minst ett allel).

Eksempel:

DNA(spec.)—HLA-B gene(B27); arb.entitic num.(proc.) = 1

Innebærer at komponenten er undersøkt, og er funnet å være til stede.