Departementsråden i Helse- og omsorgsdepartementet leder en sentral koordineringsgruppe der også Kommunal- og regionaldepartementet, Kunnskapsdepartementet, KS, fylkesmennene, de regionale helseforetakene og Helsedirektoratet er representert.
1. juli 2011 ble det opprettet et nasjonalt nettverk som skal støtte opp under arbeidet med reformen gjennom informasjon og rådgivning til kommuner, sykehus og utdanningsinstusjoner. Nettverket, ledet av prosjektdirektør Tor Åm, har også som oppgave å overvåke reformarbeidet og rapportere til Helse- og omsorgsdepartementet og koordineringsgruppen. De regionale helseforetakene, fylkesmennene, Helsedirektoratet, KS og Kunnskapsdepartementet er representert i det nasjonale nettverket.
Fylkesmannsembetene i Oslo/Akershus, Hordaland, Sør-Trøndelag og Troms er styrket med ett årsverk hver. De fire årsverkene skal styrke fylkesmennene som helhet i gjennomføringen av reformen og inngå i det nasjonale nettverket som er etablert.
Helse- og omsorgsdepartementet vil sørge for at iverksettelsen av samhandlingsreformen skjer i nær dialog med brukerorganisasjoner, ansattes organisasjoner og andre interessegrupper.
Departementet og KS har inngått en intensjonsavtale for å samarbeide om gjennomføringen av samhandlingsreformen.